ทบวงมหาวิทยาลัยได้มีหนังสือที่ ทม 0202/5965 ลงวันที่ 11 มีนาคม 2530 แจ้งมติ ก.ม.อนุมัติเปลี่ยนชื่อกองธุรการ เป็นกองกลาง และปรับปรุงงานในกองบริการการศึกษา โดยแบ่งงานออกเป็น 6 งาน คือ งานส่งเสริมการวิจัย งานหลักสูตรและพัฒนาคณาจารย์ งานทะเบียนและสถิตินักศึกษา งานเอกสารและการพิมพ์ งานห้องสมุด งานธุรการ และให้จัดตั้งกองแผนงานและกองกิจการศึกษา

- เมื่อวันที่ 14 พฤษภาคม 2531 มีพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งหน่วยงานในสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ โดยมีสำนักงานอธิการบดี (เปลี่ยนจากสำนักงานรองอธิการบดีวิทยาเขตพระนครเหนือ เป็น สำนักงานอธิการบดี)
- เมื่อวันที่ 17 ตุลาคม 2531 มีประกาศทบวงมหาวิทยาลัย เรื่องการแบ่งส่วนราชการในสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ (ฉบับที่ 4) พ.ศ.2531 ให้แบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดี ออกเป็น กองกลาง กองกิจการนักศึกษา กองบริการการศึกษา และกองแผนงาน

สถาบันได้ขยายโอกาสทางการศึกษาไปสู่ภูมิภาคที่จังหวัดปราจีนบุรี ในนาม สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ปราจีนบุรี มีคณะเทคโนโลยีและการจัดการอุตสาหกรรมเป็นคณะแรกที่จัดตั้งขึ้นที่ สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ปราจีนบุรี

เมื่อวันที่ 7 ตุลาคม พ.ศ. 2540 มีประกาศทบวงมหาวิทยาลัยจัดตั้งกองบริหารและจัดการทรัพยากรมนุษย์ เป็นหน่วยงานภายในระดับกองในสังกัดสำนักงานอธิการบดี

- เมื่อวันที่ 2 กรกฎาคม พ.ศ. 2544 สภาสถาบันอนุมัติให้จัดตั้งหน่วยงานภายในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ดังนี้
1. กองงานสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ปราจีนบุรี
2. กองอาคารสถานที่และยานพาหนะ
- เมื่อวันที่ 15 สิงหาคม พ.ศ. 2544 สภาสถาบันอนุมัติให้จัดตั้ง “กองคลัง” เป็นหน่วยงานระดับกองในสังกัดสำนักงานอธิการบดี
- เมื่อวันที่ 19 ธันวาคม พ.ศ. 2544 สภาสถาบันอนุมัติให้จัดตั้ง “ศูนย์ประกันคุณภาพการศึกษา” เป็นหน่วยงานระดับกองในสังกัดสำนักงานอธิการบดี

- เมื่อวันที่ 10 เมษายน พ.ศ. 2545 สภาสถาบันอนุมัติให้จัดตั้ง “ศูนย์บริการเทคโนโลยี สจพ. ปราจีนบุรี” เป็นหน่วยงานระดับกองในสังกัดสำนักงานอธิการบดี
- เมื่อวันที่ 11 ธันวาคม พ.ศ. 2545 สภาสถาบันอนุมัติให้จัดตั้ง “ศูนย์วิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี” เป็นหน่วยงานระดับกองในสังกัดสำนักงานอธิการบดี โดยยกฐานะจากงานส่งเสริมการวิจัย กองบริการการศึกษา เป็นศูนย์วิจัยวิทยาศาสตร์และเทคโนโลยี

ประกาศกระทรวงศึกษาธิการ เรื่อง การแบ่งส่วนราชการในสถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ให้แบ่งส่วนราชการในสำนักงานอธิการบดี ออกเป็นกองกลาง กองกิจการนักศึกษา กองบริการการศึกษา กองบริหารและจัดการทรัพยากรมนุษย์ และกองแผนงาน

- เมื่อวันที่ 13 กรกฎาคม พ.ศ. 2550 สภาสถาบันอนุมัติให้จัดตั้งหน่วยงานภายในสถาบัน ดังนี้
   1. ศูนย์ผลิตตำราเรียน เป็นหน่วยงานภายในสังกัดสำนักงานอธิการบดี มีฐานะเทียบเท่างานในสำนักงานอธิการบดี
   2. งานจัดสิทธิประโยชน์และเกื้อกูลบุคลากร เป็นหน่วยงานภายในสังกัดสำนักงานอธิการบดี มีฐานะเทียบเท่างานในสำนักงานอธิการบดี
- เมื่อวันที่ 27 ธันวาคม พ.ศ. 2550 ได้มีการประกาศใช้พระราชบัญญัติมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ พ.ศ. 2550 ส่งผลให้สถาบันเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ เปลี่ยนสถานภาพเป็น "มหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ" ซึ่งเป็นมหาวิทยาลัยของรัฐที่ไม่เป็นส่วนราชการแต่อยู่ในกำกับของรัฐ

- เมื่อวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2556 มีข้อบังคับมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ว่าด้วย การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ (ฉบับที่ 11) พ.ศ. 2556 ลงวันที่ 13 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2556 อนุมัติเปลี่ยนชื่อจากงานจัดสิทธิประโยชน์และเกื้อกูลบุคลากร เป็น “ศูนย์ส่งเสริมสวัสดิการและสิ่งจูงใจ” - เมื่อวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2556 มีข้อบังคับมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ว่าด้วย การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ (ฉบับที่ 15) พ.ศ. 2556 ลงวันที่ 25 กันยายน พ.ศ. 2556 แบ่งหน่วยงานเพิ่มเติม คือ “กองส่งเสริมวิชาการ”
- เมื่อวันที่ 16 ตุลาคม พ.ศ. 2556 มีข้อบังคับมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ว่าด้วย การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ (ฉบับที่ 17) พ.ศ. 2556 ลงวันที่ 27 พฤศจิกายน พ.ศ. 2556 แบ่งหน่วยงานเพิ่มเติม คือ “กองงานวิทยาเขตระยอง”

เมื่อวันที่ 9 กรกฎาคม พ.ศ. 2557 มีข้อบังคับมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ว่าด้วย การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ (ฉบับที่ 21) พ.ศ. 2557 ลงวันที่ 9 กรกฎาคม พ.ศ. 2557 ยกเลิกศูนย์บริการเทคโนโลยี วิทยาเขตปราจีนบุรี เป็น “กลุ่มงานบริการเทคโนโลยี “ในสังกัดกองงานวิทยาเขตปราจีนบุรี

- เมื่อวันที่ 4 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2558 มีข้อบังคับมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ว่าด้วย การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ (ฉบับที่ 22) พ.ศ. 2558 ลงวันที่ 4 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2558 แบ่งหน่วยงานเพิ่มเติม คือ “กองงานสำนักงานสภามหาวิทยาลัย”
- เมื่อวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2558 มีข้อบังคับมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ ว่าด้วย การแบ่งหน่วยงานภายในของส่วนงานในมหาวิทยาลัยเทคโนโลยีพระจอมเกล้าพระนครเหนือ (ฉบับที่ 26) พ.ศ. 2558 ลงวันที่ 21 ตุลาคม พ.ศ. 2558 ยกศูนย์การเชื่อมแห่งประเทศไทยในสังกัดสถาบันนวัตกรรมเทคโนโลยี ไทย-ฝรั่งเศส มาเป็นหน่วยงานระดับงานในสังกัดสำนักงานอธิการบดี ในนาม “สถาบันการเชื่อมแห่งประเทศไทย”